Na de uitbreiding van de kerk in de jaren 1857-1859 werd in 1867 een orgel geplaatst. Dit werd geschonken door de twee oudste zonen van douairière gravin van Aldenburg Bentinck (1836-1899) van Middachten, de graven Hendrik en Willem Bentinck. Dit orgel werd op 24 februari 1867 ingespeeld door de heer Blokhuizen, organist in Velp. Kennelijk voldeed dit orgel niet want in 1874 werd vermoedelijk door de douairière gravin van Aldenburg Bentinck, blijkens de wapens in het balkon, een nieuw orgel geschonken, gebouwd door Ehrenfried Leichel uit Duisburg. Dit werd op 1 februari 1874 ingespeeld door de heer Steenbeek uit Eerbeek.
Het orgel werd destijds, ongeveer 140 jaar geleden, geplaatst in het koor. Het onderhoud en het stemmen van dit orgel en de organist werden door Middachten bekostigd. In het begin van de jaren dertig van de vorige eeuw bleek het orgel minder goed te functioneren en overwoog men een windvoorziening aan te brengen. In de jaren 1933 tot en met 1936 werden door de nieuwe kerkvoogdij bij drie firma’s offertes opgevraagd maar vanwege de eigendomskwestie kwam het niet tot een opdracht. Pas in 1941, als er eerst een collecte is gehouden onder de gemeenteleden, werd aan de firma van Dam uit Utrecht opdracht gegeven voor enkele onderhoudswerkzaamheden.
Vier jaar daarna werd niet alleen de kerk maar ook het orgel ernstig beschadigd als gevolg van een V1 inslag in februari 1945 in het nabijgelegen Bergstein. In november 1945 diende de kerkvoogdij bij de firma Flentrop in Zaandam een verzoek in om een opgave van de totale schade aan het orgel als gevolg van de oorlog. Deze raamde de schade in 1946 op ƒ 700 tot ƒ 1200. Tijdens de herstelwerkzaamheden van de kerk werd het orgel gedemonteerd en enige jaren opgeslagen bij die firma. Nadat in 1948 bij de schadecommissie te Arnhem een schadeclaim was ingediend van ƒ 5.000 kon in 1949 met het herstel van het orgel worden begonnen. Het orgel werd opnieuw opgesteld maar nu achterin de kerk tegen de westgevel bij de toren, conform een besluit van de Rijksdienst voor Monumentenzorg in 1947. Bij deze gelegenheid werd het register aangepast. Tevens bleek bij de plaatsing een drietal gipsen “bazuinende engelen” zoekgeraakt te zijn en konden dus niet herplaatst worden.
Het Leichel orgel vertoonde in de jaren vijftig van de vorige eeuw steeds meer de kenmerken van de beruchte industriële orgels. Veel onderdelen van het binnenwerk waren van vurenhout gemaakt en aangetast door houtworm. Ook het pijpwerk was niet meer van al te beste kwaliteit. De bouw van een nieuw orgel bleek noodzakelijk. In 1954 werd bij de firma Flentrop een offerte aangevraagd maar deze gaf aan de kerkvoogdij het advies na te denken over een orgelfonds voor een geheel nieuw orgel. Dit vormde de aanleiding voor het oprichten van een orgelcommissie in het begin van de jaren zestig toen ook de noodzaak van de restauratie van de kerk duidelijk was geworden. Nadat enkele offertes waren ontvangen in de jaren 1962 tot en met 1964 komt op 20 november 1964 de orgelcommissie met een advies om aan het benodigde geld te komen voor een nieuw orgel:
Besloten werd om wel het orgel te vernieuwen maar dan met gebruikmaking van het bestaande front. Daarom wordt door de commissie een aangepaste offerte bij de firma K.B. Blank te Utrecht (later verhuisd naar Herwijnen) opgevraagd, gevolgd door een opdracht in februari 1965. Deze orgelbouwer handhaafde in 1966 het oude Leichel front en enkele waardevolle onderdelen maar bouwde verder een geheel nieuw orgel. Het front is toen ook verbreed naar de gehele breedte van het schip. Het orgel is na afloop van de restauratie in 1968 in gebruik genomen. Voor de kenners van orgels de volgende informatie:
Uitvoering met één manuaal met aangehangen pedaal en de volgende dispositie:
Prestant 4’Octaaf 2’
Roerfluit 8’ Mixtuur 3 sterk
Quintadeen 8’Kromhoorn 8’
Fluit 4’
Bij het nieuwe orgel ontbraken nog steeds de drie gipsen beelden die bij de restauratie in 1949 als zoekgeraakt werden beschouwd. In 1970 startte daarom een actie voor het verwerven van nieuwe of andere beelden. Na vele donatieverzoeken en dankzij een actie van de “huisvrouwen” van Ellecom konden acht jaar later op 6 december 1978, drie lindehouten beelden van de beeldhouwer Maarten Robert uit Haarlem, op de oude naamdag van de kerk ‘Sint Nicolaas” geplaatst worden. De kosten hiervan bedroegen ruim ƒ14.000.