800 – 900
Bij archeologisch onderzoek tijdens de kerkrestauratie van 1948 zijn onder de vloeren verbrande paalresten aangetroffen. Hieruit bleek dat op de plaats waar nu de Dorpskerk staat, een houten voorganger heeft gestaan. Bij meerdere kerken op de Veluwe vermoedt men dat er een houten voorganger is geweest, maar de kerk in Ellecom is de enige waarbij men dit daadwerkelijk heeft kunnen bewijzen door de verkleuringen van de paalresten. Datering van de resten duidde op een brand rond 900 n. Chr. De houten kapel had een lengte van ± 11,5 meter en een breedte van ± 5 meter en was gesitueerd op de plaats waar nu het schip en een deel van het koor staat. Het was niet meer dan een zaalkerkje.

1000 – 1400
Feitelijke kennis over de datering en herbouw van het zaalkerkje of kapel is er niet. Maar afgaand op de aanwezigheid van meerdere, vrijwel identieke, tufstenen kerkjes aan de Veluwezoom in Oosterbeek, Velp, Rheden, Spankeren, Drempt en Angerlo, doet vermoeden, dat in deze omgeving sprake is geweest van een bouwgolf. Dit moet hebben plaats gehad onder twee bisschoppen die zich volgens het bisdom Utrecht bijzonder manifesteerden als bouwheren.
Als eerste noemen we Adelbold II, bisschop van 1010 tot 1026. Adelbold staat bekend als beschermer van het geloof, stond  daartoe geregeld in zijn harnas voor een leger en was een gedreven bouwheer om vervallen heilige plaatsen te herstellen of nieuwe te bouwen. Hij vooral wordt gezien als initiatiefnemer voor de uitbreiding van kerkelijke huisvesting langs de Veluwezoom.
Ook zijn opvolger Bernulfus (Bernold), bisschop tot 1054, toonde zich een waarlijk bouwheer. Hij stichtte drie kerken in Utrecht alsmede de Lebuinuskerk in Deventer. Als pastoor in Oosterbeek werd hij door Keizer Koenraad II zelf tot opvolger van de in 1026 overleden Adelbold benoemd. Hij is nog immer patroonheilige van het dorp Oosterbeek.

Uit archeologisch onderzoek is gebleken dat de afmeting van de nieuwe Ellecomse kapel 17,60 x 6,80 meter bedroeg. De fundering bestond uit een vlijlaag van veldkeien en zand. Hierboven was een kistwerk gemetseld van tufsteen gevuld met witte kalkmortel.
Tussen 1128 en 1131 schonk graaf Gerard van Gelre, met uitdrukkelijke toestemming van zijn vrouw Ermgard en hun zoon Hendrik, de kapel van Ellecom met de erbij behorende tienden aan de Zutphense kerk (Sint Walburgis) als prebende voor de daar verblijvende broeders.
De Romaanse toren is gebouwd tussen 1150 en 1175 in de laatste fase van het gebruik van tufsteen. Daarvoor moesten twee ramen worden dichtgemetseld. De toren diende in eerste aanleg als oriëntatiepunt. Later mede om er luiklokken in op te hangen. Daarnaast werd de toren gebruikt als schuilplaats tegen rovers, als fort in tijden van oorlog en bij hoog water. De meeste kerkjes stonden immers dicht aan stromen of rivieren.
Het oorspronkelijk als kapel bekend staande godshuis is waarschijnlijk in 1359 tot parochiekerk verheven. Deze is gewijd aan St. Nicolaas, de beschermheilige van o.a. schippers tegen de gevaren van stormen op zee en overstromingen.

1400 – 1800
Rond 1450 werd het koor gesloopt en vervangen door een tufstenen Gotische versie. Dit koor is hoger dan het bestaande schip. Deze situatie zou eeuwen zo blijven. Tot ca. 1595 had het kapittel van Sint Walburgis het recht van voordracht van de pastoor. Onder invloed van de Reformatie werd tegen het einde van de zestiende eeuw de kerk in gebruik genomen voor de gereformeerde godsdienstuitoefening. De toenmalige pastoor koos de zijde van de hervormde kerk, en nam behalve zijn parochianen ook het kerkgebouw mee. De Heer van Middachten volgde hem en veranderde eveneens van geloof. Het collatierecht (voordracht van de predikant) kwam toen in handen te liggen van de bewoners van kasteel Middachten. Deze waren de enige ambtsjonkers die in het kerspel Ellecom woonden.
Tot 1734 werden de dorpen Ellecom en Spankeren bediend door dezelfde predikanten die afwisselend in een van deze plaatsen woonden. In dat jaar vond een definitieve scheiding plaats en kwam er voor de kerk van Ellecom een aparte dominee.

1800 – 1900
De Ellecomse kerk is na de Reformatie als zelfstandige stichting blijven bestaan, beheerd door kerkvoogden, onder opperbeheer van de ambtsjonkers van het ambt Rheden. Door de verwerving van de collatie van de pastorie (in de zeventiende eeuw), hebben de eigenaren van Middachten in hun hoedanigheid van collatoren vervolgens ook bijzondere aanspraken doen gelden ten aanzien van het beheer der kerkgoederen. In de negentiende eeuw leidde deze zienswijze voor het eerst tot openlijke pretenties ten aanzien van het eigendomsrecht van de kerk.
In 1859 liet Graaf Bentinck van kasteel Middachten de kerk verbouwen. Het schip werd afgebroken en vervangen door een bredere variant in baksteen dat in Gotische bouwstijl op gelijke hoogte werd getrokken met het Gotische koor. De toren, die tot dan ruim boven het schip uit stak, kwam hierdoor enigszins in het gedrang. Het spaarveld aan de schipzijde kwam nu uit in de kap. Tijdens de verbouwing werd ook de crypte voor de familie Bentinck onder het koor gebouwd.
Daar de toren staatseigendom is, werd de hoofdingang van de kerk verlegd naar links naast de toren. Hier werd een neogotisch portaal gebouwd. Ook werd er een nieuw neogotisch zijportaal geplaatst. Voor het eerst kwamen er ook banken voor burgers in de kerk te staan.
Niet iedereen in het dorp was het eens met het vergrotingsplan van de graaf. Sommige mensen waren ervan overtuigd dat de kerk niet van Middachten was. Middachten was echter een heel belangrijke werkgever in de omgeving zodat deze mensen niet veel konden uitrichten. Uit protest gingen zij niet meer naar deze kerk. Voor hen werd door de gravin van Reede in 1860 een nieuwe kapel gebouwd, een driezijdige gesloten zaalkerk, aan de Zutphensestraatweg. Aan de kapel werd in 1896 een schoolgedeelte toegevoegd.
In 1874 kreeg de Nicolaaskerk een orgel dat in het koor werd geïnstalleerd waarna in 1889 in het rechter koortravee de consistoriekamer werd gebouwd. Hiervoor werd onder meer tufsteen gebruikt dat bij de sloop uit 1859 van het oude Romaanse schip is vrij gekomen.

1900 – 2000
De graaf en gravin van dat moment kwamen in 1912 kort na elkaar te overlijden. Zij werden bijgezet in de crypte van de kerk. Om zijn ouders te gedenken liet hun zoon en opvolger in de kerk twee gebrandschilderde ramen aanbrengen.
In financieel opzicht was de hervormde gemeente nogal afhankelijk van haar Heer. Heer en gemeente waren zozeer met elkaar verstrengeld, dat graaf Bentinck van Waldeck Limpurg nog in 1931 de mening was toegedaan dat het kerkgebouw niet de hervormde gemeente toebehoorde maar hem. Deze onduidelijkheid bleek, toen de graaf in dat jaar afstand deed van zijn kerkelijke functies (opperkerkmeester). Bij deze gelegenheid wilde hij tevens de financiële relatie herzien, die er tussen hem en de gemeente bestond. Hij stelde de gemeente voor dat deze de kerk en de naastgelegen pastorie voor een klein bedrag van hem zou huren. Ook wilde hij niet meer de kosten van het schoonhouden en intact houden van het inwendige van de kerk betalen. Er werd een onderzoek ingesteld dat 15 jaar zou gaan duren. Hieruit bleek uiteindelijk dat Middachten geen juridische zeggenschap had over de kerk. Eerst in 1948 kwam het tot een vergelijk tussen Bentinck en de kerkvoogdij, waarbij het eigendomsrecht definitief aan de laatste werd toegewezen.
Om al het goede dat Middachten voor de kerk heeft gedaan (ze hebben tenslotte eeuwenlang alle kosten van de kerk op zich genomen), wilde de kerkvoogdij als dank de grafelijke bank en de rouwborden laten staan. Deze banken worden nog regelmatig door de familie gebruikt. Vlak voor de bevrijding in 1945 viel er een V1 op een naburig huis. De kerk en haar gebrandschilderde ramen werden ernstig beschadigd, de laatste zelfs onherstelbaar.
In 1949 werd de kerk voor de eerste keer gerestaureerd. De toegang tot de kerk via de toren werd weer in ere hersteld. De neogotische zijentree en hoofdentree werden verwijderd. De hoofdentree werd dichtgemetseld en de zijentree wordt vervangen door een eenvoudige versie met lessenaars dak. Het orgel werd verplaatst naar de andere kant van de kerk, waarvoor het huidige orgelbalkon werd gebouwd. De kerk kreeg een nieuwe kansel.
De gebrandschilderde ramen uit 1912 waren door de inslag van de V1 volledig verwoest. De resten zijn verdwenen. Helaas zijn er geen tekeningen of foto’s van deze ramen bewaard gebleven.
In 1962 volgde een tweede noodzakelijke restauratie. De toren werd gerestaureerd en kreeg een volledig nieuwe eiken spits met leibedekking. Het dak van het schip en koor werd vervangen door een kap met gesmoorde oudhollandse pannen. Voorheen was dit dak voorzien van een leibedekking. De rouwborden werden tenslotte gerestaureerd.